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Die Universität Zürich richtete 1998 das Kompetenzzentrum Gender Studies (KGS) ein, das die bestehenden Aktivitäten im Bereich Gender Studies koordiniert. Es hatte zum Ziel, Gender Studies in Forschung und Lehre an der Universität Zürich zu institutionalisieren. Das Kompetenzzentrum hat Forschungsprojekte im Bereich Gender Studies sichtbar gemacht und die interdisziplinäre Zusammenarbeit der einzelnen Forschenden über die Grenzen der Universität Zürich hinweg gefördert. Es stellte Anträge für Nationale Forschungsschwerpunkte und beteiligte sich an Doktoratsausbildungen (Graduiertenkollegien). Zudem organisierte das Zentrum regelmässig Workshops und Veranstaltungen.
Den grössten Erfolg in seiner fast 10-jährigen Geschichte konnte das KGS im Sommer 2006 verbuchen. Im Juni dieses Jahres nahm die Philosophische Fakultät der Universität Zürich den vom KGS eingereichten Antrag auf Schaffung eines interdisziplinären Master-Nebenfaches Gender Studies an. Gleichzeitig bewilligte die Universitätsleitung den Antrag auf Schaffung eines neuen Lehrstuhls für Gender Studies und Islamwissenschaft. Damit war das Ziel des KGS, die Gender Studies an der Universität Zürich nachhaltig zu institutionalisieren, erreicht. Ende Oktober 2007 wurde das KGS aufgelöst, weil eine weitere Finanzierung nicht mehr gesprochen wurde.
Im Herbstsemester 2008 startete das neue Masterprogramm Gender Studies und am 1. März 2009 hat Prof. Dr. Bettina Dennerlein ihre Arbeit am neu geschaffenen Lehrstuhl für Gender Studies und Islamwissenschaft aufgenommen. Sie vertritt die beiden Fachbereiche je zur Hälfte und hat die Leitung des Masterprogrammes Gender Studies inne.